Motinos dienos ištakos slypi gilioje senovėje, kai įvairios pasaulio tautos garbindavo moteriškos prigimties deives.
Lietuvoje moteriškųjų dievybių garbinimas buvo labai paplitęs – pagonys lietuviai aukštino deives Žemyną (žemės globėją), Mildą (meilės globėją) ir Laimą (likimo, vaisingumo, vaikų globojimo deivę).
Motinos diena ne šiaip sau švenčiama pavasarį. Mūsų senoliai Motiną, gyvybės nešėją, tapatindavo su Žeme, nes kaip ji išaugina vaikus, taip žemė išaugina derlių, todėl pavasarį garbindavo žemę, tuo pačiu aukštinant motiną.
Senuosiuose aprašymuose lietuviškuoju motinos pavyzdžiu dažnai keliama Vytauto Didžiojo motina Birutė. Ji laikoma mūsų šeimų tradicijų pradininke. Motina taip pat buvo laikoma namų židinio saugotoja, kurstytoja. Šią dieną motinas sveikindavo vaikai ir vyrai, stengdamiesi už jas atlikti visus namų ruošos darbus.
Įvedant Motinos dieną Lietuvoje didelės įtakos turėjo Katalikų Bažnyčia bei Marijos – Jėzaus Motinos – garbinimo tradicijos, gegužinės pamaldos. Krikščionybės laikais dominavo Mergelės Marijos kultas.
Ypač motinos vaidmuo Lietuvoje išaugo XVII-XX amžiais, kai vyrai ir sūnūs žuvo sukilimuose, karuose, kai jie ėjo Sibiro tremtinių ar pavojingais knygnešių keliais, mirė kalėjimuose, lageriuose.
Oficialiai Motinos dienos šventimo data laikoma 1929 m. kovo 24 d. Tais metais Lietuvos katalikių moterų draugijos pastangomis buvo sušauktas įvairių moterų organizacijų bei spaudos atstovų susirinkimas. Susirinkime buvo nutarta įvesti Motinos dieną Lietuvoje, kurią numatyta švęsti kasmet pirmą gegužės sekmadienį. Tų metų gegužės 2 dieną per radiją į Lietuvos visuomenę kreipėsi net tuometinis valstybės prezidentas Antanas Smetona, pabrėždamas didelį motinos vaidmenį šeimoje ir visuomenėje.
Penktajame dešimtmetyje sovietinė valdžia paragino Motinos dienos atsisakyti. Jos pakaitalu tapo kovo 8-oji – tarptautinė moters diena. Ji buvo švenčiama panašiai kaip dabar švenčiama Motinos diena. Vaikučiai dovanodavo savo mamytėms gėles, deklamuodavo eilėraščius, teikė savo kūrybos darbelius, vyrai padovanodavo gėlių. Bet šventė labiau sureikšmindavo motiną kaip moterį, o ne kaip motiną.
1988 metais Motinos diena vėl pradėta švęsti valstybės mastu, susigrąžintas, pradėtas nacionalinių papročių atkūrimas. 1989 m. pasižymėjo visuomenės ir Bažnyčios vienybe pagerbiant motinas. 1990 m. Motinos diena buvo paskelbta tautine švente.